La gestion du Port de commerce de Honfleur a été confiée à l'Etablissement Maritime Rouen Honfleur (E.M.R.H.) . L'E.M.R.H est constitué à parts égales par la C.C.I du Pays d'Auge et le Port Autonome de Rouen.
Ils travaillent ensemble au développement du port et à la valorisation industrielle et portuaire des terrains mis hors d'eau.

L'E.M.R.H. est concessionnaire de l'outillage public, des terre-pleins et espaces directement liés à l'activité portuaire.
Il gère également environ 80 hectares de terrains industriels. Son président est le président de la C.C.I. du Pays d'Auge.